در افراد مبتلا به سلیاک، سیستم ایمنی بدن توسط گلوتن موجود در مواد غذایی تحریک میشود. آنتی بادیها به مخاط روده حمله میکنند و موجب آسیب، صاف شدن یا از بین رفتن برآمدگیهای مو مانند (پرز) در روده کوچک میشوند. پرز آسیب دیده به طور مؤثر نمیتواند مواد مغذی را از طریق دیواره روده جذب کند. در نتیجه، چربیها، پروتئینها، ویتامینها و مواد معدنی از مدفوع عبور میکنند. با گذشت زمان، این مسئله میتواند به سوء تغذیه منجر شود.