برخی افراد به دلایل پزشکی خالکوبی میکنند.
در افراد مبتلا به بیماریهای مزمن از جمله دیابت از خالکوبی کردن برای آگاه شدن تیم پزشکی در موارد اورژانسی استفاده میشود. در مورد رادیوتراپی بیش از یکبار، از انجام خالکوبی برای نشانگذاری محل استفاده میشود. پس از عمل جراحی بازسازی پستان، از خالکوبی برای ایجاد نوک پستان استفاده میشود.